Artigos científicos utilizando marcadores moleculares

16 Novembro 2022, 09:00 • Patricia Beldade

Apresentações feitas pelos alunos (individuais ou em grupos de máximo 4 pessoas) de artigos escolhidos por eles,ilustrando diversos marcadores moleculares e suas aplicações. Apresentações orais sem suporte visual em que os alunos identificaram o tópico e pergunta/hipótese científica abordados no artigo e descreveram os métodos com enfoque em: que marcadores foram usados, que amostras foram recolhidas, que análise foi feita. Foram apresentados e discutidos ca. 10 artigos por sessão.

Genética da especiação e marcadores genéticos

15 Novembro 2022, 15:30 • Bruno Miguel Santos de Almeida Nevado

Introdução à genética da especiação e estudo de radiações evolutivas. Apresentação de Lupinus como case study. Inferências baseadas em distribuições geográficas e filogenias vs inferência demográfica. Efeito de hibridização e introgressão em adaptação (introgressão adaptativa vs outbreeding depression) e especiação (especiação hibrida vs de-speciation). Inferência da ação da seleção natural com marcadores genéticos. Definição de incompatibilidades de Dobzhansky-Muller (DMI).

Artigos científicos utilizando marcadores moleculares

14 Novembro 2022, 08:30 • Patricia Beldade

Apresentações feitas pelos alunos (individuais ou em grupos de máximo 4 pessoas) de artigos escolhidos por eles,ilustrando diversos marcadores moleculares e suas aplicações. Apresentações orais sem suporte visual em que os alunos identificaram o tópico e pergunta/hipótese científica abordados no artigo e descreveram os métodos com enfoque em: que marcadores foram usados, que amostras foram recolhidas, que análise foi feita. Foram apresentados e discutidos ca. 10 artigos por sessão.

Genética da conservação de cetáceos

10 Novembro 2022, 12:00 • Patricia Beldade

Desafios particulares de estudos de cetáceos. Ameaças a populações naturais de cetáceos. Técnicas para seguir e para amostrar cetáceos que permitem o estudo destas espécies (genómica e química) bem como dos microorganismos que lhes estão associados. Tipos de aplicações de marcadores genéticos nos estudos de cetáceos, incluindo determinação do sexo e genética de populações. Tipos de marcadores usados: mtDNA, microssatélites, SNPs.

Exemplo 1: Estudo das populações da baleia corcunda do Hemisfério Sul. Necessidade de actualizar a informação da estrutura populacional destas baleias para que a Comissão Baleeira Internacional possa regular. Amostragem em diferentes locais de procriação (mais próximos do Equador) e locais de alimentação (mais para Sul). Combinação de estudos de diferentes equipas responsáveis por “seguir” as baleias de diferentes zonas geográficas, presumivelmente correspondendo a diferentes rotas de migração. Possibilidade de “mistura” entre rotas, com indivíduos que se deslocam entre elas e “diluem” a diferenciação entre elas. Estudo usando amostras biológicas colhidas primariamente de indivíduos vivos (juvenis e adultos) em diferentes locais e diferentes alturas. Uso de marcadores microssatélite (10 pares de “primers” usados em reações multiplex cada uma com 3-4 pares) e mtDNA. Uso para determinar o sexo dos indivíduos amostrados, bem como a diversidade genética e a estrutura populacional com cálculo da heterozigotia esperada e observada, Fst e “genetic clusters” (via análise no programa Structure). Resultados publicados no artigo Kershaw et al. Molecular Ecology (2017).

Exemplo 2: Estudo dos golfinhos roazes do Atlântico Norte. Distinção entre populações mediterrânicas, pelágicas e costeiras. Estudo da estrutura populacional dos roazes do Atlântico Norte usando como amostras, biópsias de animais vivos e arrojamentos, e como marcadores, 22 loci microssatélite, bem como mtDNA. Procura de relação entre a estrutura populacional e o habitat específico (incluindo adaptação local) e com a estrutura social das populações. Enfoque nas populações costeiras, que incluem algumas populações residentes, como a do estuário do Sado. Redução das populações costeiras e ameaças que sofrem, incluindo os contaminantes químicos PCBs. Relevância do estudo no contexto de esforços de conservação e directivas europeias que definem áreas específicas de proteção chamadas SACs (special areas of conservation). Enfoque na população residente dos golfinhos do Sado a ser seguidos no tempo. Compilação de estudos europeus com análise genétics de mtDNA e microssatélites que permitiu calcular heterozigotia observada (Ho) e esperada (He), allelic richness, e relações de parentesco entre golfinhos amostrados. Dados usados para estimar Fst, número de clusters genéticos. Identificação da população do Sado como uma população distinta das restantes e com baixos níveis de variabilidade genética. Estudo estendido para a análise de (33 mil) SNPs obtidos de projectos de WGS de algumas amostras (120 golfinhos, incluindo 8 do Sado). Análise de estrutura populacional mais fina e procura de regiões do genoma sob seleção.

Aula lecionada pela convidada, especialista em genética da conservação de cetáceos, Doutora Inês Carvalho, investigadora de pós-Doutoramento no grupo da Conservation Genetics do Instituto Gulbenkian de Ciência.

Visualização e dados de marcadores moleculares

9 Novembro 2022, 09:00 • Patricia Beldade

Tipos de marcadores e exemplos: morfológicos, alozimas, baseados em DNA (incluindo AFLPs, microsatellites, SNPs). Propriedades dos marcadores; incluindo: dominantes ou co-dominantes, níveis de polimorfismo, facilidade de desenvolvimento e genotipagem, necessidade ou não de informação sobre sequência nucleotídica, requesitos sobre qualidade e quantidade de DNA. Exemplos detalhados de dois tipos de marcadores com detecção por electroforese com base em tamanho de fragmentos e cujo ensaio envolve PCR, mas que diferem em dominância ou co-dominância e na necessidade ou não de informação sobre sequência nucleotídica: AFLPs e microsatélites. Exercícios de leitura de polimorfismo em RFLP, AFLP e microsatélites e entrada dos dados correspondentes.