Sumários
Marcadores neutrais, caracterização de estrutura populacional e como identificar hibridização
8 Novembro 2022, 15:30 • Bruno Miguel Santos de Almeida Nevado
Introdução a medidas e métodos para caracterizar a estrutura populacional: (1) FST para quantificar a diferenciação genética com base em frequências alélicas; (2) métodos para agrupamento de indivíduos com base em dados de vários loci (Structure e PCA). Distinção entre métodos de agrupamento (clustering) baseados em modelos de genética populacional (STRUCTURE) e métodos de exploração de dados sem modelos biológicos subjacentes (PCA - Principal Component Analysis). Interpretação de resultados de FST, Structure e PCA. Isolamento por distância e efeito de amostragem. Princípios da utilização de marcadores neutrais para inferir a história demográfica com base em modelos. Árvores de genes e árvores de espécies. Incongruencia filogenética, hibridização e introgressão, e incomplete lineage sorting. Identificação de introgressão com testes “abba-baba”, exemplo de introgressão de DNA de neandartais para humanos.
Visualização e dados de marcadores moleculares
7 Novembro 2022, 08:30 • Patricia Beldade
Tipos de marcadores e exemplos: morfológicos, alozimas, baseados em DNA (incluindo AFLPs, microsatellites, SNPs). Propriedades dos marcadores; incluindo: dominantes ou co-dominantes, níveis de polimorfismo, facilidade de desenvolvimento e genotipagem, necessidade ou não de informação sobre sequência nucleotídica, requesitos sobre qualidade e quantidade de DNA. Exemplos detalhados de dois tipos de marcadores com detecção por electroforese com base em tamanho de fragmentos e cujo ensaio envolve PCR, mas que diferem em dominância ou co-dominância e na necessidade ou não de informação sobre sequência nucleotídica: AFLPs e microsatélites. Exercícios de leitura de polimorfismo em RFLP, AFLP e microsatélites e entrada dos dados correspondentes.
exame intercalar
3 Novembro 2022, 12:00 • Patricia Beldade
Exame intercalar sobre definição, tipos e propriedades de marcadores genéticos, valendo 3 dos 20 valores da nota final.
Análise de SNPs para caracterizar estrutura populacional
2 Novembro 2022, 09:00 • Bruno Miguel Santos de Almeida Nevado
Quantificar diferenciação genética entre populações com FST. Análise de dados de SNPs de populações humanas para caracterizar a estrutura populacional utilizando métodos tendo como unidade indivíduos. Métodos de clustering com base em dados de genótipos em vários loci utlizando principal component analysis (PCA). Análise de dados de SNP para calcular FST entre pares de populações e realizar a análise de PCA. Interpretação e discussão dos resultados.
Análise de SNPs para caracterizar estrutura populacional
31 Outubro 2022, 08:30 • Bruno Miguel Santos de Almeida Nevado
Quantificar diferenciação genética entre populações com FST. Análise de dados de SNPs de populações humanas para caracterizar a estrutura populacional utilizando métodos tendo como unidade indivíduos. Métodos de clustering com base em dados de genótipos em vários loci utlizando principal component analysis (PCA). Análise de dados de SNP para calcular FST entre pares de populações e realizar a análise de PCA. Interpretação e discussão dos resultados.