Sumários
HMMs. Modelação por homologia
13 Outubro 2017, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Classificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da
sequência. A motivação do desenvolvimento de classificadores com
melhore desempenho que os padrões determinísticos. Os Hidden Markov Models:
objetivos e construção a partir dos alinhamentos múltiplos. Mecanismo,
Porbabilidades de geração de símbolos e transições. Aplicação à
classificação de sequências. Parametrização de um HMM. O portal PFam:
famílias e domínios, alinhamentos seed. HMM logos e inetrpretação.
Varidade na arquitetura dos domínios em proteínas multidomínio. O portal
InterPro, como consórcio: Exemplos da inetrpretação dos resultados de
pesquisa.
A previsão da estrutura a partir da sequência: as dificuldades e a
competição CASP. A modelação por homologia: objetivo e fundamento, fases
fundamentais, medidas de qualidade dos modelos obtidos (QMEAN4) e
limitações dos resultados. O portalr SwissModel. A pesquisa de templates, a modelação e a otimização final por campo de forças empírico.
InterPro. SwissModel
13 Outubro 2017, 09:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Pesquisa e interpretação dos resultados de métodos de deteção de características funcionais nos portais ProSIte, PFam, e InterPro. Submissão de uma sequência ao portal SwissModel. Interpretação dos resultados.
Correlações sequência, estrutura, função. Padrões determinísticos e PSSM.
6 Outubro 2017, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Generalidades sobre a classificação de proteínas em famílias: a
interseção entre a classificação e a previsão funcional. Aspetos
quantitativos sobre a determinação da estrutura e função a partir da
sequência. Medidas quantitativas da semelhança de sequência e semelhança
estrutural.
Classificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da
sequência. Os alinhamentos múltiplos de sequências revistas como ponto
de partida para a classifcação de sequências novas. Padrões
determinísticos. O portal PROSITE. O desempenho de classificadores
binários. A matriz de confusão, Sensibilidade, recall, especificidade e precisão. Problemas no desempenho de padrões determinísticos. As Position Specific Scoring Matrices. Os perfis probabilísticos no PROSITE.
Sobreposição estrutural. Temas estruturais nas proteínas
6 Outubro 2017, 09:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Continuação do uso do software UCSF Chimera: sobreposição estrutural de 3 proteínas de membrana. A forte conservação estrutural e a existência de "temas" estruturais nas proteínas. O domínio "rodopsina 7TM helix": consulta no portal CATH. Prevalência, diversidade funcional e semelhança de sequência entre proteínas com este tema estrutural.
Cristalografia de raios X. Classificação estrutural de proteínas
29 Setembro 2017, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Conclusão da aula anterior sobre cristalografia de raios X. Generalidades sobre a classificação de proteínas em famílias: as classificações estruturais (SCOP e CATH) e as classificações com base na sequência. SCOP: Hierarquia e principais classes. O crescimento do número de folds SCOP. CATH: hierarquia e principais classes.