Sumários
Análise de SNPs para caracterizar estrutura populacional
17 Novembro 2021, 09:00 • Vítor Sousa
Discussão e correção de exercícios sobre diversidade genética e FIS. Quantificar diferenciação genética entre populações com FST. Análise de dados de SNPs de populações humanas para caracterizar a estrutura populacional utilizando métodos tendo como unidade indivíduos. Métodos de clustering com base em dados de genótipos em vários loci utlizando principal component analysis (PCA). Realização de tutorial e exercícios em R para análise de dados de SNP para calcular FST entre pares de populações e realizar a análise de PCA. Interpretação e discussão dos resultados.
Genética da especiação e marcadores genéticos
16 Novembro 2021, 15:30 • Vítor Sousa
Introdução à genética da especiação. Definição e discussão dos conceitos biológico e filogenético de espécie. Distinção entre diferentes tipos de especiação, definidos com base na distribuição geográfica (e.g., especiação alopátrica, simpátrica e parapátrica), vs tipos de especiação com base em processos evolutivos (e.g., especiação com fluxo genético, especiação devido a seleção natural). Introdução à filogeografia e utilização de árvores filogenéticas de mtDNA. Distinção e discussão da diferença entre "gene trees" e "species trees". Definição de incompatibilidades de Dobzhansky-Muller (DMI). Definição dos conceitos de hibridação, “admixture” e introgressão. Distinção dos efeitos da hibridação: depressão por “outbreeding” devido a incompatibilidades genéticas, e introgressão adaptativa. Definição de especiação poliplóide, distinguindo especiação autopoliplóide e alopoliplóide. Exemplos de estudos baseados em marcadores neutrais para estudar especiação (por exemplo, estatística D ou teste ABBA-BABA, partilha de haplótipos, modelos demográficos com base no SFS).
Análise de SNPs para caracterizar estrutura populacional
15 Novembro 2021, 08:30 • Vítor Sousa
Discussão e correção de exercícios sobre diversidade genética e FIS. Quantificar diferenciação genética entre populações com FST. Análise de dados de SNPs de populações humanas para caracterizar a estrutura populacional utilizando métodos tendo como unidade indivíduos. Métodos de clustering com base em dados de genótipos em vários loci utlizando principal component analysis (PCA). Realização de tutorial e exercícios em R para análise de dados de SNP para calcular FST entre pares de populações e realizar a análise de PCA. Interpretação e discussão dos resultados.
Efeito de selecção natural em marcadores genéticos e “genome scans”
11 Novembro 2021, 12:00 • Vítor Sousa
Efeitos de selecção natural nas frequências alélicas de acordo com diferentes tipos de seleção (seleção positiva e seleção negativa). Distribuição de efeitos na fitness de novas mutações. Interação entre deriva genética e selecção natural: acumulação de mutações deletérias e/ou perda de mutações benéficas em populações com menor efectivo populacional. Introdução a diferentes métodos para detectar selecção positiva com marcadores genéticos: métodos baseados em detecção de “outliers” com marcadores e dados de polimorfismo, métodos baseados em dN/dS. Efeitos de seleção positiva em marcadores neutrais em linkage. Assinaturas genéticas de “selective sweeps”. Princípios dos métodos para detectar genes envolvidos em adaptação local com base em padrões de diferenciação genética entre populações.
Ficheiros VCF e análise de SNPs para quantificar diversidade genética
10 Novembro 2021, 09:00 • Vítor Sousa
Realização de tutorial e exercícios em R, para análise de dados de SNP obtidos através de ficheiros VCF. Discussão e correção de exercícios sobre ficheiros VCF. Análise de dados de SNPs de populações humanas para quantificar diversidade genética, comparando heterozigotia observada com heterozigotia esperada. Coeficiente de inbreeding (FIS).