Detecção e sequenciação de SARS-Cov-2

26 Novembro 2020, 12:00 • Patricia Beldade

Seguimento do SARS-CoV-2: esforço nacional e internacional. Testes de diagnóstico de SARS-CoV-2 usando “quantititive real-time PCR””: “primers” para gene viral e para gene humano como controlo, valores de CT. Seguimento da origem e grupos de transmissão do SARS-CoV-2 usando técnicas de NGS (Nanopore e Illumina) e uma estratégia de amplificação do genoma viral via PCR multiplex com 98 pares de “primers”. Obtenção do primeiro genoma viral com recursos a RNA-seq e uma estratégia que enriquecia o RNA viral em detrimento do RNA do hospedeiro. Organização do genoma viral, taxa de mutação e identificação de “clusters”.  Plataformas públicas de armazenamento e visualização dos dados de sequência. Heterogeneidade nos efeitos de infecção com SARS: idade, sexo e factores genéticos ainda não conhecidos que podem ser estudados, por exemplo, com recurso a uma abordagem GWAS. 

Aula lecionada em zoom pelo convidado, especialista em DNA sequencing & analysis, Doutor Ricardo Leite, coordenador da Unidade de Genómica do Instituto Gulbenkian de Ciência.

Artigos científicos utilizando marcadores moleculares

25 Novembro 2020, 09:00 • Patricia Beldade

Apresentações feitas pelos alunos (individuais ou em grupos de máximo 4 pessoas) de artigos escolhidos por eles ilustrando diversos marcadores moleculares e suas aplicações. Apresentações orais sem suporte visual em que os alunos identificaram o tópico e pergunta/hipótese científica abordados no artigo e descreveram os métodos com enfoque em: que marcadores foram usados, que amostras, que análise. Foram apresentados e discutidos ca. 10 artigos por sessão.

Base genética da variação, adaptação e especiação

24 Novembro 2020, 15:30 • Patricia Beldade

O mapa genótipo-fenótipo. Métodos para identificar a base genética de características fenotípicas. Selecção artificial, cruzamentos controlados, perfis de expressão genética, mapeamento genético, mutante screens, testes funcionais com mutantes KO, RNAi ou edição via CRISPR-Cas9. Exemplos publicados do estudo da base genética da adaptação usando diferentes métodos baseados em marcadores moleculares. 

Artigos científicos utilizando marcadores moleculares

23 Novembro 2020, 08:30 • Patricia Beldade

Apresentações feitas pelos alunos (individuais ou em grupos de máximo 4 pessoas) de artigos escolhidos por eles ilustrando diversos marcadores moleculares e suas aplicações. Apresentações orais sem suporte visual em que os alunos identificaram o tópico e pergunta/hipótese científica abordados no artigo e descreveram os métodos com enfoque em: que marcadores foram usados, que amostras, que análise. Foram apresentados e discutidos ca. 10 artigos por sessão.

Mapeamento genético

19 Novembro 2020, 12:00 • Patricia Beldade

Variação fenotípica e seus componentes. QTLs. Princípio do mapeamento genético. Mapeamento baseado em cruzamentos e em desequilíbrio de linkage. Associação entre genótipos e fenótipos. Testar marcadores em genes candidatos versus distribuídos por todo o genoma. Exemplo do princípio e procedimento de um teste da contribuição dum gene candidato para variação fenotípica num caracter quantitativo.