Sumários
Genome scans para detectar seleção
10 Novembro 2020, 15:30 • Vítor Sousa
Revisão dos conceitos de fitness e fitness landscape. Introdução a diferentes métodos para detectar selecção positiva com marcadores genéticos: métodos baseados em detecção de “outliers” com marcadores e dados de polimorfismo, métodos baseados em dN/dS. Efeitos de seleção positiva em marcadores neutrais em linkage. Assinaturas genéticas de “selective sweeps”. Princípios dos métodos para detectar genes envolvidos em adaptação local com base em padrões de diferenciação genética entre populações. Exemplos de aplicações.
Ficheiros VCF (continuação). Análise de SNPs para quantificar diversidade e diferenciação genética.
9 Novembro 2020, 08:30 • Vítor Sousa
Discussão e correção de exercícios sobre ficheiros VCF. Análise de dados de SNPs de populações humanas para quantificar diversidade genética, comparando heterozigotia observada com heterozigotia esperada. Coeficiente de inbreeding FIS. Quantificar diferenciação genética entre populações com FST. Realização de tutorial e exercícios em R, para análise de dados de SNP obtidos através de ficheiros VCF.
História evolutiva humana (continuação). Efeito de selecção natural em marcadores genéticos.
5 Novembro 2020, 12:00 • Vítor Sousa
Exemplos de aplicações de marcardores moleculares neutrais e de DNA antigo em estudos de genética evolutiva humana: “Out of Africa”, colonização da Sibéria e Américas, expansões populacionais associadas ao aparecimento da agricultura e domesticação de animais (Neolítico), e migrações durante a Idade do Bronze na Europa. Efeitos de selecção natural nas frequências alélicas de acordo com diferentes tipos de seleção (seleção positiva e seleção negativa). Distribuição de efeitos na fitness de novas mutações. Interação entre deriva genética e selecção natural: acumulação de mutações deletérias e/ou perda de mutações benéficas em populações com menor efectivo populacional. Probabilidade de fixação de uma nova mutação. Conceito de carga mutacional (“mutacional load”).
Visualização de dados de Next Generation Sequencing (NGS): ficheiros BAM e VCF
4 Novembro 2020, 09:00 • Vítor Sousa
Passos na análise de dados de NGS: (i) ficheiros de FASTQ e qualidade das bases; (ii) mapeamento, ficheiros BAM e qualidade de mapeamento; (iii) detectar sites variáveis (SNPs), estimar genótipos e ficheiros VCF (Variant Call Format). Conceito de cobertura (depth of coverage) e princípios de quantificação da incerteza em dados NGS. Realização de tutoriais e exercícios em R, utilizando ferramentas do Bioconductor para visualização de paired-end reads mapeados contra genoma de referência e de ficheiros VCF.
Marcadores neutrais e inferência da história demográfica humana
3 Novembro 2020, 15:30 • Vítor Sousa
Princípios da utilização de marcadores neutrais para inferir a história demográfica com base em modelos. Árvores de genes e árvores populacionais. Breve visão geral das hipóteses para explicar a evolução e origem de humanos anatomicamente modernos. Comparação da diversidade genética e estimativa dos efectivos populacionais em humanos modernos e espécies de símios. Estatísticas resumo de polimorfismos ao nível genómico: espectro de frequências alélicas (“site frequency spectrum”). Evidências genéticas com base em marcadores neutrais favorecendo a hipótese “Out of Africa”. Exemplos de aplicações da utilização de DNA antigo em estudos de genética humana. Limitações, contaminação e padrões de degradação típicos de DNA antigo.