Sumários
Análise de SNPs para caracterizar estrutura populacional
18 Novembro 2020, 09:00 • Vítor Sousa
Discussão e correção de exercícios sobre diversidade e diferenciação genética. Análise de dados de SNPs de populações humanas para caracterizar a estrutura populacional utilizando métodos tendo como unidade indivíduos. Métodos de clustering com base em dados de genótipos em vários loci utlizando principal component analysis (PCA). Realização de tutorial e exercícios em R para análise de dados de SNP para realizar PCA utilizando ferramentas do Bioconductor.
Genética da conservação (continuação). Hibridação e introgressão.
17 Novembro 2020, 15:30 • Vítor Sousa
Conceito de resgate genético (“genetic rescue”). Importância de caracterizar variação adaptativa na conservação e definição de unidades de conservação. Definição dos conceitos de hibridação, “admixture” e introgressão. Introdução a diferentes métodos baseados em marcadores neutrais para detectar introgressão (por exemplo, estatística D ou teste ABBA-BABA, partilha de haplótipos, modelos demográficos com base no SFS). Distinção dos efeitos da hibridação: depressão por “outbreeding” devido a incompatibilidades genéticas, e introgressão adaptativa. Discussão dos efeitos de hibridação na definição de unidades de conservação.
Análise de SNPs para caracterizar estrutura populacional
16 Novembro 2020, 08:30 • Vítor Sousa
Discussão e correção de exercícios sobre diversidade e diferenciação genética. Análise de dados de SNPs de populações humanas para caracterizar a estrutura populacional utilizando métodos tendo como unidade indivíduos. Métodos de clustering com base em dados de genótipos em vários loci utlizando principal component analysis (PCA). Realização de tutorial e exercícios em R para análise de dados de SNP para realizar PCA utilizando ferramentas do Bioconductor.
Detecção de selecção natural (continuação). Aplicação de marcadores em genética da conservação.
12 Novembro 2020, 12:00 • Vítor Sousa
Exemplos de “genome scans” para detectar genes envolvidos em adaptação local. Introdução aos princípios de testes de seleção baseados em comparação de taxas de substituição em posições não-sinónimas e sinónimas (dN/dS). Teste de McDonald-Kreitman para detectar seleção. Limitações de métodos baseados em “genome scans”. Introdução à genética da conservação e filogeografia. Definição de unidades de conservação com base em marcadores genéticos neutrais: distinção entre “evolutionary significant units” e “management units”. Impacto de efectivo populacional reduzido e depressão por consanguinidade nos padrões genéticos. Utilização de marcadores para detectar “Runs of Homozygosity”. Deteção de mutações deletérias com base em conservação de posições genómicas.
Ficheiros VCF (continuação). Análise de SNPs para quantificar diversidade e diferenciação genética.
11 Novembro 2020, 09:00 • Vítor Sousa
Discussão e correção de exercícios sobre ficheiros VCF. Análise de dados de SNPs de populações humanas para quantificar diversidade genética, comparando heterozigotia observada com heterozigotia esperada. Coeficiente de inbreeding FIS. Quantificar diferenciação genética entre populações com FST. Realização de tutorial e exercícios em R, para análise de dados de SNP obtidos através de ficheiros VCF.