Sumários
T 14: Genética da especiação
9 Novembro 2023, 12:30 • Patricia Beldade
Introdução à genética da especiação e estudo de radiações evolutivas. Dois eixos nos estudos de “Speciation Genetics”: 1) uso da genética para perceber a evolução das espécies, incluindo quando começaram a divergir e as forças evolutivas que contribuíram para essa divergência, 2) mecanismos (genes) que causam o isolamento reprodutor (por vezes chamados de “speciation genes”). Apresentação de Lupinus como “case study”. Limitação da análise de diferenças entre espécies só com base em morfologia. Valor da sistemática molecular. Identificação dos processos que contribuem para a divergência de populações e formação de espécies distintas: seleção natural e processos neutros, taxa e factores ambientais da especiação. Sistemática molecular e suas vantagens. Evolução convergente e o papel da seleção. Exemplo dos ecotipos (“morphotypes”) dos ciclídeos dos lagos Africanos: semelhança na morfologia e na ecologia que resulta de evolução convergente e é um produto de seleção natural. Tentar perceber o que determina o aparecimento de diferentes morfo/ecotipos de Lupinus: divergência independente versus migração. Rapidez da especiação e “incomplete lineage sorting”, que se reflecte em inconsistência entre árvores filogenéticas feitas com base em genes distintos. Relógio molecular: número de substituições nas bases do DNA proporcional ao tempo de divergência. Exemplo dos Lupinus: 15 espécies em 10 Milhões de Anos (MA) no “Old World” vs 130 espécies em 2 MA nos Andes. Em parte devido à “oportunidade ecológica” (factores extrínsecos) mas também a factores genómicos/genéticos (factores intrínsecos). Ciclos ambientais que se traduzem em ciclos de isolamento e de contacto secundário entre populações. Identificação da base genética do isolamento reprodutivo e sua história evolutiva. Isolamento reprodutivo e hibridização. Comum mas, ainda assim, há muitas espécies. Híbridos entre espécies geralmente têm baixo fitness, sendo muitas vezes estéreis. Modelo de incompatibilidade genética de (Bateson-)Dobzhansky-Muller (DMI). Exemplo dos “swordtail fish”: genes de DMI moldados por deriva genética e por seleção natural. Aula dada pelo professor convidado Bruno Nevado, especialista na genómica da especiação e investigador principal no cE3c-FCUL.
TP 07 : Artigos científicos utilizando marcadores moleculares
9 Novembro 2023, 10:00 • Patricia Beldade
Apresentações feitas pelos alunos (individuais ou em grupos de máximo 3 pessoas) de artigos escolhidos por eles,ilustrando diversos marcadores moleculares e suas aplicações. Apresentações orais sem suporte visual em que os alunos identificaram o tópico e pergunta/hipótese científica abordados no artigo e descreveram os métodos com enfoque em: que marcadores foram usados e como se obtiveram, que amostras foram recolhidas e como se processaram, que dados foram gerados e como foram analisados. Foram apresentados e discutidos ca. 16 artigos por sessão.
Marcadores neutrais, caracterização de estrutura populacional e inferência da história demográfica
7 Novembro 2023, 15:30 • Vítor Sousa
Introdução a medidas e métodos para caracterizar a estrutura populacional: (1) FST para quantificar a diferenciação genética com base em frequências alélicas; (2) métodos para agrupamento de indivíduos com base em dados de vários loci (Structure e PCA). Distinção entre métodos de agrupamento (clustering) baseados em modelos de genética populacional (STRUCTURE) e métodos de exploração de dados sem modelos biológicos subjacentes (PCA - Principal Component Analysis). Interpretação de resultados de FST, Structure e PCA. Princípios da utilização de marcadores neutrais para inferir a história demográfica com base em modelos. Estimativa de efectivo populacional a partir de número de SNPs numa região genómica. Árvores de genes e árvores populacionais.
TP 07 : Artigos científicos utilizando marcadores moleculares
6 Novembro 2023, 14:00 • Patricia Beldade
Apresentações feitas pelos alunos (individuais ou em grupos de máximo 3 pessoas) de artigos escolhidos por eles,ilustrando diversos marcadores moleculares e suas aplicações. Apresentações orais sem suporte visual em que os alunos identificaram o tópico e pergunta/hipótese científica abordados no artigo e descreveram os métodos com enfoque em: que marcadores foram usados e como se obtiveram, que amostras foram recolhidas e como se processaram, que dados foram gerados e como foram analisados. Foram apresentados e discutidos ca. 16 artigos por sessão.
T 12 : Exame intercalar
2 Novembro 2023, 12:30 • Patricia Beldade
Exame intercalar sobre definição, tipos e propriedades de marcadores genéticos, valendo 3 dos 20 valores da nota final. O exame foi feito em dois turnos para poder ter espaço entre estudantes.