Sumários
TP 04 : Visualização e dados de marcadores moleculares
16 Outubro 2023, 14:00 • Patricia Beldade
Tipos de marcadores e exemplos: morfológicos, alozimas, baseados em DNA (incluindo AFLPs, microsatellites, SNPs). Propriedades dos marcadores; incluindo: dominantes ou co-dominantes, níveis de polimorfismo, facilidade de desenvolvimento e genotipagem, necessidade ou não de informação sobre sequência nucleotídica, requesitos sobre qualidade e quantidade de DNA. Exemplos detalhados de dois tipos de marcadores com detecção por electroforese com base em tamanho de fragmentos e cujo ensaio envolve PCR, mas que diferem em dominância ou co-dominância e na necessidade ou não de informação sobre sequência nucleotídica: AFLPs e microsatélites. Exercícios de leitura de polimorfismo em RFLP, AFLP e microsatélites e entrada dos dados correspondentes.
Tecnologias de sequenciação NGS, RADseq e PoolSeq
12 Outubro 2023, 12:30 • Vítor Sousa
Princípio de métodos de Next Generation Sequencing e tecnologia Illumina. Passos no protocolo NGS: preparação da biblioteca genómica, amplificação, sequenciação. Aplicações de sequenciação Illumina para sequencias individuos de espécies não modelo (RADseq) e sequenciar pools de indivíduos (Pool-seq). Princípios das técnicas de NGS de terceira geração (PacBio e ONT Nanopore). Resumo, revisão e comparação de técnicas de NGS de segunda (Illumina) e terceira (PacBio e ONT Nanopore) geração.
TP 03 : Análise quantitativa e comparativa de sequências
12 Outubro 2023, 10:00 • Patricia Beldade
Sumário da TP 02 que não tiveram por causa de feriado à quinta-feira. Manuseamento de sequências e bases de dados: PCR, restrição, GenBank, Ensembl. Exercícios de: design de primers para PCR e utilização de ferramentas BLAST e ORF finder. TP 03 sobre estatísticas descritivas de sequências. Composição em nucleótidos ou aminoácidos. Uso de codões alternativos. Comparações de sequências de diferentes origens. Polimorfismos. Tipos de substituições de nucleótidos. Cálculo e utilidade de matrizes de distâncias genéticas. Modelos de substituições. Exercícios no programa Mega11.
T 06 : Tipos de DNA e sua utilização
10 Outubro 2023, 15:30 • Patricia Beldade
Tipos de DNA e suas propriedades principais. cDNA versus gDNA. aDNA e eDNA. ncDNA versus mtDNA. Complementaridade e princípio da sua utilização. Propriedades, vantagens e aplicações da utilização de mtDNA.
TP 03 : Análise quantitativa e comparativa de sequências
9 Outubro 2023, 14:00 • Patricia Beldade
Estatísticas descritivas de sequências. Composição em nucleótidos ou aminoácidos. Uso de codões alternativos. Comparações de sequências de diferentes origens. Polimorfismos. Tipos de substituições de nucleótidos. Cálculo e utilidade de matrizes de distâncias genéticas. Modelos de substituições. Exercícios no programa Mega11.