Sumários
Relógio molecular, distinção entre polimorfismo ancestral e fluxo genético e marcadores neutrais
19 Novembro 2024, 15:30 • Vítor Sousa
Definição de probabilidade de fixação, tempo de fixação e taxa de substituição molecular (relógio molecular). Incongruências entre gene trees e species trees devido a polimorfismo ancestral (“incomplete lineage sorting”) ou fluxo genético. Utilização de SNPs para distinguir polimorfismo ancestral de fluxo genético devido a mistura de populações ou hibridação e introgressão com base no teste ABBA-BABA.
T 17 : Mapeamento genético
14 Novembro 2024, 12:30 • Patricia Beldade
Variação fenotípica e seus componentes. QTLs. Princípio do mapeamento genético. Mapeamento baseado em cruzamentos e em desequilíbrio de linkage. Associação entre genótipos e fenótipos. Testar marcadores em genes candidatos versus distribuídos por todo o genoma. Exemplo do princípio e do procedimento para testar a contribuição dum gene candidato para variação fenotípica num caracter quantitativo. Mapeamento com base em famílias. Marcadores por todo o genoma ou marcadores associados a genes candidatos. Genome-Wide Association Studies (GWAS).
TP 08 : Associação entre marcadores
14 Novembro 2024, 10:00 • Patricia Beldade
Linkage genético e desequílibrio de linkage: definições, propriedades, medidas e aplicações. Distância genética e frequência de recombinação. Construção de mapas genéticos. Relação entre frequências haplotípicas e frequências alélicas numa população. Exercícios.
T 16: Genética da especiação [Dr. Bruno Nevado]
12 Novembro 2024, 15:30 • Patricia Beldade
O caso de estudo das populações experimentais de C. elegans. Aparecimento duma nova mutação, com fenótipo comportamental: roller. Possíveis efeitos de novas mutações no fitness (benéficas, neutras e deletérias) e consequência para a sua persistência nas populações. Principais conclusões da “neutral theory” sobre a probabilidade e tempo de fixação de uma mutação neutral, e a taxa de acumulação de mutações entre linhagens. Relógio molecular: número de substituições nas bases do DNA proporcional ao tempo de divergência. Podemos usar dados genéticos das populações actuais para inferir quando é que a especiação aconteceu. Dois eixos nos estudos de “Speciation Genetics”: 1) uso da genética para perceber a evolução das espécies, incluindo quando começaram a divergir e as forças evolutivas que contribuíram para essa divergência, 2) mecanismos (genes) que causam o isolamento reprodutor (por vezes chamados de “speciation genes”). Exemplo das formigas que cultivam fungos publicado este ano na revista Science. Para que uma nova mutação leve a isolamento reprodutor deverá afectar: a propabilidade de reprodução e/ou viabilidade da descendência e/ou fertilidade da descendência. Exemplo dos lupinos dos Andes: 130 espécies em 2 milhões de anos, contrastando com 15 espécies em 10 milhões de anos para os lupinos do “velho mundo”. A radiação adaptativa inclui o aparecimento de novas espécies e a diversificação ecológica. Exemplo dos tentilhões das Galápagos: a diversificação dos bicos, associada à exploração de diferentes tipos de alimentos, também interfere com o canto, que está envolvido na reprodução. Vários factores podem estar por detrás do aparecimento de isolamento reprodutor, que é a base da especiação: 1) “magic traits”, características raras que afectam a ecologia e a reprodução; 2) isolamento geográfico, que pode levar à divergência entre populações adaptadas localmente; 3) baixa fitness de indivíduos híbridos, exemplo das bananas (híbridos entre plantas parentais com diferentes números de cromossomas) e dos ligers (esterilidade dos híbridos por incompatibilidades genéticas). -- Modelo de incompatibilidade genética de (Bateson-)Dobzhansky-Muller (DMI), com exemplo dos “swordtail fish” --; 4) possibilidade de curtos períodos de redução drástica dos efectivos populacionais (bottlenecks) levarem a fixação de mutações deletérias distintas em populações distintas que podem contribuir para o seu isolamento reprodutor; 5) especiação resultante da hibridização, como no caso do Senecio squalidus que apareceu num jardim botânico em Oxford tendo resultado do cruzamento entre duas espécies que existem naturalmente em Itália. Aula dada pelo professor convidado Bruno Nevado, especialista na genómica da especiação e investigador principal no cE3c-FCUL.
TP 08 : Associação entre marcadores
11 Novembro 2024, 14:00 • Patricia Beldade
Linkage genético e desequílibrio de linkage: definições, propriedades, medidas e aplicações. Distância genética e frequência de recombinação. Construção de mapas genéticos. Relação entre frequências haplotípicas e frequências alélicas numa população. Exercícios.