Sumários
Análise de SNPs para caracterizar estrutura populacional
7 Novembro 2024, 10:00 • Vítor Sousa
Quantificar diferenciação genética entre populações com métodos baseados em frequências alélicas entre populações (FST) e métodos baseados em dados de indivíduos. Análise de dados de SNPs de populações humanas para caracterizar a estrutura populacional utilizando métodos tendo como unidade indivíduos. Métodos de clustering com base em dados de genótipos em vários loci utlizando principal component analysis (PCA). Realização de tutorial e exercícios em R para análise de dados de SNP para calcular FST entre pares de populações e realizar a análise de PCA. Interpretação e discussão dos resultados.
Marcadores neutrais, caracterização de estrutura populacional e inferência da história demográfica
5 Novembro 2024, 15:30 • Vítor Sousa
Introdução a medidas e métodos para caracterizar a estrutura populacional: (1) FST para quantificar a diferenciação genética com base em frequências alélicas; (2) métodos para agrupamento de indivíduos com base em dados de vários loci (Structure e PCA). Distinção entre métodos de agrupamento (clustering) baseados em modelos de genética populacional (STRUCTURE) e métodos de exploração de dados sem modelos biológicos subjacentes (PCA - Principal Component Analysis). Interpretação de resultados de FST, Structure e PCA. Princípios da utilização de marcadores neutrais para inferir a história demográfica com base em modelos. Estimativa de efectivo populacional a partir de número de SNPs numa região genómica. Árvores de genes e árvores populacionais.
Análise de SNPs para caracterizar estrutura populacional
4 Novembro 2024, 14:00 • Vítor Sousa
Quantificar diferenciação genética entre populações com métodos baseados em frequências alélicas entre populações (FST) e métodos baseados em dados de indivíduos. Análise de dados de SNPs de populações humanas para caracterizar a estrutura populacional utilizando métodos tendo como unidade indivíduos. Métodos de clustering com base em dados de genótipos em vários loci utlizando principal component analysis (PCA). Realização de tutorial e exercícios em R para análise de dados de SNP para calcular FST entre pares de populações e realizar a análise de PCA. Interpretação e discussão dos resultados.
T 13 : Exame intercalar
31 Outubro 2024, 12:30 • Patricia Beldade
Exame intercalar sobre definição, tipos e propriedades de marcadores genéticos, valendo 3 dos 20 valores da nota final.
Ficheiros VCF e análise de SNPs para quantificar diversidade genética.
31 Outubro 2024, 10:00 • Vítor Sousa
Realização de tutorial e exercícios em R, para análise de dados de SNP obtidos através de ficheiros VCF. Discussão e correção de exercícios sobre ficheiros VCF. Análise de dados de SNPs de populações humanas para quantificar diversidade genética, comparando heterozigotia observada com heterozigotia esperada. Coeficiente de inbreeding FIS.